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Voraussetzung für eine Zulassung zur Weiterbildung zum Facharzt für Mikrobiologie, Virologie und Infektionsepidemiologie ist ein abgeschlossenes Medizinstudium. Nach erfolgreichem Abschluss aller Prüfungen und erhalt der Approbation als Arzt kann die Weiterbildung beginnen. Diese schließt das Erlernen diagnostischer Verfahren der Bakteriologie, Virologie, Parasitologie sowie Mykologie und Serologie von Infektionskrankheiten ein. Neben der Laboratoriumsdiagnostik gehört auch die Verlaufsbeurteilung von Infektionskrankheiten zum Weiterbildungsinhalt. Erlernt werden auch die Nachweise von Pilzen, Bakterien und Viren durch mikroskopische, biochemische, immunologische und molekularbiologische Methoden. Die gesamte Weiterbildungszeit beträgt fünf Jahre. Wobei neben der fachlichen Qualifikation 12 Monate auf dem Gebiet der unmittelbaren Patientenversorgung abgeleistet werden können oder 12 Monate im Bereich Hygiene und Umweltmedizin oder Laboratoriumsmedizin ebenfalls angerechnet werden.