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Fachärzte für Mikrobiologie, Virologie und Infektionsepidemiologie arbeiten in erster Linie in der medizinischen Forschung und Lehre sowie in Krankenhäusern. Außerdem sind sie in Gesundheitsämtern tätig. Daher gehören Labors und Behandlungsräume zu ihren Arbeitsorten. Beim Ausüben von Lehrtätigkeiten auf den Gebieten der Mikrobiologie, Virologie und Infektionsepidemiologie gehören Seminarräume, Hörsäle und andere Unterrichtsräume ebenfalls zu den Arbeitsorten dieser Spezialisten. Virologen arbeiten auch an Universitätskliniken und Tropeninstituten. Hier steht allen Reisenden auch eine Reisemedizinische Impfambulanz mit den entsprechenden Fachärzten für Beratungen und Impfungen zur Verfügung. Auch die Forschung zu weltweit grassierenden Viruserkrankungen gehört zum Aufgabenspektrum der Tropeninstitute und damit der Virologen in Deutschland.