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Die Tierseuchenbekämpfung und die Bekämpfung von Zoonosen (vom Tier auf den Menschen übertragbare Krankheiten) zählen zu den wichtigsten Aufgaben des amtsärztlichen Dienstes. Im Rahmen von systematischen Bekämpfungsprogrammen arbeitet das Veterinäramt auch mit Tierärzten und anderen Institutionen zusammen. Zu den Tierseuchen zählen unter anderem die Blauzungenkrankheit bei Rind und Schaf, Tollwut, Maul- und Klauenseuche, Schweinepest und Vogelgrippe. Diese können mitunter große wirtschaftliche Schäden verursachen. Im Rahmen der Tierseuchenbekämpfung werden unter anderem landwirtschaftliche Betriebe stichprobenartig überprüft und Nutztiere gekennzeichnet.