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Durch die Untersuchung von Stuhlproben lassen sich beispielsweise unklare Magen-Darm-Beschwerden diagnostizieren. Außerdem kann okkultes, also verstecktes Blut im Stuhl erkannt werden. Damit soll dann meist abgeklärt werden, ob es Hinweise auf eine Darmentzündung, auf Polypen oder eine Krebserkrankung des Darms gibt. Neben einem Parasitenbefall also Würmern im Stuhl können auch Bakterien nachgewiesen werden. Ein Beispiel dafür sind Salmonellen. Auch Viren können im Stuhl nachgewiesen werden. Beispielsweise kann sich nach einer Auslandsreise eines Patienten die Frage nach heimischen oder tropischen Parasiten stellen, wenn entsprechende Beschwerden vorliegen. In der Regel wird mit einem kleinen Teil des Stuhlmaterials eine Kultur angelegt und in der Folge durch den Laborarzt untersucht.